El modo historia arranca con una historia que se desarrolla de forma paralela a la serie de animación justo cuando se produce la vuelta de los Dark Signers con única misión de establecer su supremacía sobre la ciudad de Nuevo Domino. De modo que ahora se podrá competir en el modo historia o en el modo de duelo libre contra Jack, Yusei o cualquiera de los 20 nuevos personajes y así protagonizar la enésima batalla entre el bien y el mal.
Por otra parte el número de cartas ahora asciende a 3200 para competir con amigos o contrincantes de cualquier lugar gracias a la conexión WiFi. De hecho, se han incorporado novedades que mejoran la visualización de la tabla de líderes, así como algunas estadísticas de los últimos 20 combates disputados.
En cuanto, a los duelos se han añadido toda clase de porcentajes y mediciones para hacer los enfrentamientos más interesantes, ajustándose a las características de cada jugador atendiendo a los puntos de ataque y defensa.
Las diferencias mas notables (si es que las hay) sobre el juego del año pasado son:
- la cantidad de personajes disponibles, incluyen los personajes de las segunda temporada como son Carly, Kyriu (o Kalin), Crow, los Dark Singers etc..
- Incluyen al rededor de 3200 cartas (incluyendo "speed spell 2", los "dioses de la tierra" pero no incluyen los dark synchro)
En lo personal, el mejor juego que a salido es el World Championship 2008, la renovacion del tablero en 3D arriba y una vista "aerea" en la pantalla de abajo fue una excelente combinación.
Desde la edición pasada (2009) han optado por darle mas importancia a su nueva seria 5D´s sin importarles los fans de la serie original que vieron/conocieron a YuGi Motou "el rey de los duelos".no estaria tan molesto si esos [...] de Konami hubiesen dejado a los dioses egipcios tal y como los habian dejado desde que aparecieron oficialmente en el juego de NDS (y el ultimo de YAMI) Nightmare Troubadour; el cual se centraba en la temporada de ciudad batallas... pero bueno, el ciclo continua.